Структурными подразделениями Аппарата являются:
Отдел пресс-службы Губернатора города Севастополя
Управление секретариата, делопроизводства и контроля
Управление организационной работы
Управление по вопросам государственной службы и кадров
Управление по работе с обращениями граждан
Управление правовой работы Губернатора и Правительства Севастополя
Управление представительства Правительства Севастополя в городе Москве
Управление судебно-претензионной работы Правительства Севастополя
Экспертно-аналитическое управление